Sejak saat itu, kehadiran Komisi Yudisial menjadi angin segar dalam sistem ketatanegaraan Indonesia.
Namun dalam perjalanan tugasnya, Komisi Yudisial mengalami dinamika, antara lain pengujian terhadap Undang-Undang Nomor 22 Tahun 2004 ke Mahkamah Konstitusi oleh sejumlah Hakim Agung, melalui Putusan Mahkamah Konstitusi Nomor 005/PUU-IV/2006.
Beberapa kewenangan dalam pengawasan Hakim dan Hakim Mahkamah Konstitusi tidak berlaku, sejak Mahkamah Konstitusi membatalkan wewenang Komisi Yudisial melalui putusannya yang keluar pada tahun 2006.
Komisi Yudisial dan sejumlah elemen bangsa yang mendukung peradilan bersih, transparan, dan akuntabel melakukan berbagai upaya untuk mengembalikan peran Komisi Yudisial sesuai harapan masyarakat.
Salah satu upayanya adalah dengan merevisi Undang-Undang Nomor 22 Tahun 2004. Usaha tersebut membuahkan hasil dengan dikeluarkannya Undang-Undang Nomor 18 Tahun 2011 tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 22 Tahun 2004 tentang Komisi Yudisial.
Perubahan undang-undang ini berpengaruh terhadap penguatan wewenang dan tugas Komisi Yudisial.
Eksistensi Komisi Yudisial yang telah berumur 16 tahun pada era sekarang telah banyak memberikan terobosan salah satunya pada tahun 2013, melalui pembentukan Penghubung Komisi Yudisial di Daerah yang tersebar pada 12 Provinsi di Indonesia, yaitu Kalimantan Timur, Nusa Tenggara Barat, Jawa Timur, Riau, Sulawesi Selatan, Sulawesi Utara, Sumatera Selatan, Nusa Tenggara Timur, Sumatera Utara, Jawa Tengah, Kalimantan Barat dan Maluku.
Terbentuknya Komisi Yudisial yang ada di 12 Provinsi Indonesia memiliki peran penting dalam optimalisasi tugas, pokok dan fungsi Komisi Yudisial Republik indonesia yang bertempat di pusat.
Dalam hal ini, ada pembagian kewenangan yang diberikan secara vertikal pada Penghubung Komisi Yudisial, yang diatur dalam Peraturan Komisi Yudisial Republik Indonesia Nomor 1 tahun 2017 tentang Pembentukan, Susunan, dan Tata Kerja Penghubung Komisi Yudisial RI di Daerah, pada pasal 4 menyatakan bahwa tugas dari Penghubung Komisi Yudisial di Daerah , diantaranya :
