Ponpes Al-Zaytun sendiri dikenal dengan pesantren yang tertutup.

Pesantren di Desa Mekarjaya, Kecamatan Gantar, Indramayu ini bahkan punya kesan eksklusif.

"Memang Al-Zaytun itu kan pesantren di Indramayu, eksklusif kita tidak bisa intervensi apa-apa dan kalaupun kita tidak suka juga susah, levelnya nasional pun kadang tidak ditanggapin gitu," kata Ketua MUI Indramayu KH Satori.

3. Diresmikan B.J. Habibie

Pesantren ini diresmikan pada 27 Agustus 1999.

Persemian saat itu dilakukan oleh Presiden B.J. Habibie. Al-Zaytun menerapkan Sistem Pendidikan Satu Pipa (One Pipe Education System), yakni sebuah sistem pendidikan formal yang tidak terputus dari tingkat dasar hingga tinggi.

4. Berdiri di Lahan 1.200 Hektare

Al-Zaytun dibangun di atas lahan seluas 1.200 hektare dimana 200 hektare diantaranya adalah untuk sarana kompleks pendidikan seperti gedung pembelajaran, gedung asrama siswa putra maupun putri, masjid hingga sarana olahraga.

5. Guru Polisikan Panji Gumilang

Guru-guru Al-Zaytun sempat mempolisikan Panji Gumilang pada 2017.

Saat itu, Panji dinilai telah melakukan dugaan penghinaan dan pelecehan terhadap guru.