Ilham setelah lulus kuliah mulai bekerja di perusahaan pesawat Boeing.

Ia juga pernah didaulat menjadi Direktur Marketing PT Dirgantara Indonesia.

Pada 2002, Ilham mengundurkan diri dari PT Dirgantara Indonesia dan melanjutkan kariernya di Grup Ilthabi Rekatama yang merupakan perusahaan keluarga.

Ilham mengambil kendali perusahaan itu lantaran sang adik, Thareq Kemal Habibie menjalankan bisnis lain.

Seiring dengan itu, Ilham mengambil ilmu manajemen di School of Business, Universitas Chicago, Singapura, pada 2003.

Ia juga beberapa kali dipercaya sebagai Presiden Direktur atau CEO di beberapa perusahaan, yaitu PT. Global Group Asia, PT. Industri Mineral Indonesia, dan jabatan komisaris di beberapa perusahaan besar lainnya.

Ilham saat ini dipercaya sebagai Ketua Dewan Pakar Ikatan Cendekiawan Muslim se-Indonesia (ICMI). (*)